Em Agricultura Biológica a proteção das plantas é baseada na prevenção. Procura-se incrementar a limitação natural (favorecendo os auxiliares) e recorrendo a diversas medidas culturais, tais como a utilização de variedades resistentes a pragas e/ou doenças, as rotações, as consociações e a instalação de sebes vivas, entre outras. Utilizam-se também métodos de luta tais como a luta biológica, a captura em massa com atrativos alimentares e/ou sexuais, o uso de feromonas para impedir o acasalamento de pragas (confusão sexual), métodos que não fazem qualquer recurso à aplicação de pesticidas.

Quando a combinação dos métodos preventivos aplicados não é suficiente para evitar prejuízos significativos, em função da pressão da praga ou doença, e só em último recurso, podem aplicar-se produtos fitofarmacêuticos de origem mineral, vegetal, animal ou microbiana, em número reduzido e de impacto ambiental, toxicológico e ecotoxicológico mínimo ou nulo desde que, simultaneamente:

• constem no Anexo II do Regulamento CE 889/2008, de 5 de setembro;
• estejam homologados em Portugal no âmbito da legislação específica.

Os pesticidas de síntese são proibidos salvo exceções (utilizações especiais) e nunca em aplicação direta sobre as culturas ou o solo.

Salientamos que a legislação europeia de Agricultura Biológica inclui apenas uma lista restrita de pesticidas de origem natural: mineral, vegetal, animal ou microbiana, sem perigo para o ambiente e a saúde.